Ekholmen har varit bebodd under lång tid. Redan under 1700-talet finns dokumenterat att Tore Olofssons släkt bodde på ön, som fram till 1920-talet var ett hemman under Margretelund, en stormansgård i Österåker.
Hemmansräntan 1890 var 40:- / år.
Den 14 januari 1922 undertecknade friherrinnan och friherre Åkerhjelm ett köpekontrakt då G F Olofsson blev ägare till Ekholmen.
På 1930-talet styckades en del av ön av till sommarstugetomter. Ekholmens Fastihetsägarförening bildades den 25 juni 1972. Stadgarna utformades av Sixten Jansson och antagna på årsmötet 1973.
